Thủ tướng Chính phủ đã có Quyết định 412/QĐ-TTg ngày 11 tháng 4 năm 2007 về việc phê duyệt các dự án đầu tư quan trọng về kết cấu hạ tầng giao thông đến năm 2020 [5] theo đó đưa ra quan điểm, và các mục tiêu cụ thể trong hai giai đoạn, đến năm 2010 và giai đoạn 2010 đến 2020, trong đó, đường sắt sẽ được từng bước nâng cao năng lực, hiện đại hóa, cải tạo và nâng cấp, trong đó các mục tiêu trọng điểm phải kể đến:

• Dự án nâng cấp an toàn cầu Đường sắt trên tuyến đường sắt Thống Nhất.[6]
• Các dự án đường sắt thuộc hai hành lang và một vành đai kinh tế Việt - Trung:
  • Dự án nâng cấp cải tạo tuyến Đường sắt Yên Viên - Lào Cai [7]
  • Xây dựng tuyến đường sắt phục vụ khai thác alumin-nhôm tại các tỉnh Tây Nguyên
  • Nâng cấp tuyến đường sắt Đồng Đăng (Lạng Sơn) - Hà Nội
• Xây dựng các tuyến đường sắt đô thị tại Hà Nội và TP Hồ Chí Minh.
• Nâng cấp tuyến đường sắt Yên Viên - Cái Lân (Quảng Ninh)..

...

Tuy nhiên, sau một loạt các tiêu cực trong ngành đường sắt bị phanh phui vào tháng 5 năm 2014, hầu hết các dự án lớn mà các dự án lần lượt được chuyển giao về ban quản lý dự án trực thuộc Bộ Giao thông Vận tải.[8]